День гражданской авиации Кыргызстана, отмечаемый ежегодно 7 октября, установлен Постановлением Правительства Кыргызской Республики № 738 от 3 октября 1994 года, придавая особую значимость гражданской авиации, учитывая ее неоценимый вклад в развитие экономики, культуры, отраслей народного хозяйства республики.
История гражданской авиации Кыргызской Республики началась с Постановления Совета Народных Комиссаров Киргизской АССР 1933 года. Первым аэропортом была целинная площадка в районе пригородной деревни Папеновка, начальником которого был назначен выпускник Ленинградского института гражданской авиации Н.К. Батов, приехавший в город Фрунзе в 1933 году по направлению после института. Самолетный парк состоял из трех самолетов У-2, специального сельскохозяйственного назначения.
В октябре 1933 года с Фрунзенского аэродрома взлетел маленький самолет У-2, пилотируемый Николаем Иеске с авиатехником на борту Евгением Балакши. Они совершили первый перелет через горные хребты Кунгей и Киргизский на высоте 3500 метров, тем самым определив возможность прохождения через перевалы и открытия новой трассы Фрунзе — Рыбачье — Пржевальск. Свою работу начала линия Пишпек — Ташкент — Алма-Ата.
7 октября 1933 года газеты писали по этому поводу под заголовком «Первый рейс»: «Последняя победа нашей авиации — это хребет Кунгей Ала-Тау, вставший над уровнем моря на 4575 метров, грозные воздушные ямы, свирепые ветры «Улан», «Сан-Таш». Наитруднейший воздушный путь Фрунзе — Рыбачье — Пржевальск взят смелостью, энтузиазмом и точными расчетами наших отважных пилотов, проведших самолет через Токмак, Рыбачье, Сазановку...».
Бурное развитие гражданская авиация Кыргызстана получила в 60-е годы 20 века. Вскоре начинают эксплуатироваться транспортные самолеты Ил-18 и Ан-24. Происходит бурный рост технической оснащенности. В последующие годы были возведены многочисленные объекты служб аэропортов городов Фрунзе, Ош, жилые дома, расширены аэровокзалы во всех аэропортах внутренних воздушных линий.
В настоящее время главные воздушные ворота страны — Международный аэропорт «Манас» — один из самых крупнейших и современнейших аэропортов в Центральной Азии. Аэропорт обеспечивает международные и внутренние перевозки, способен принимать все типы воздушных судов и обладает самой длинной в регионе искусственной взлетно-посадочной полосой. Аэропорт «Манас» расположен в центре Чуйской долины и находится в 23 километрах к северо-западу от столицы государства — города Бишкека.
Государственное регулирование деятельности в области гражданской авиации в целях обеспечения безопасности полетов воздушных судов, авиационной безопасности и качества работ и услуг осуществляет Государственное агентство гражданской авиации Кыргызской Республики.