Родоначальником Первого Московского государственного медицинского университета имени И.М. Сеченова был медицинский факультет Императорского Московского университета (сегодня это МГУ), открытого в 1755 году по предложению великого русского ученого Михаила Ломоносова и графа Ивана Шувалова в период правления императрицы Елизаветы Петровны.
Занятия на медицинском факультете начались (13) 24 августа 1758 года. Именно эта дата сегодня и считается точкой отсчёта истории университета. Здесь читали курсы первые русские профессора Семен Зыбелин и Петр Вениаминов, впоследствии к ним присоединились Федор Политковский и Иван Сибирский.
Расширение факультета продолжилось в первой половине 19 века. Так, Устав университета 1804 года уже предусматривал наличие шести самостоятельных кафедр и трех институтов: Клинического, Повивального и Хирургического.
Вообще за свою долгую историю университет неоднократно подвергался реорганизации и менял название. В 1930 году он стал самостоятельным учебным заведением — Первым Московским медицинским институтом, а спустя 10 лет, после награждения Орденом Ленина, переименован в Первый Московский Ордена Ленина медицинский институт (1-й МОЛМИ).
В 1955 году ему было присвоено имя выдающегося русского физиолога Ивана Михайловича Сеченова. В 1990 году был реорганизован в Московскую медицинскую академию (ММА), а сегодня носит название, которое полностью звучит как: Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова Министерства здравоохранения Российской Федерации (Сеченовский Университет).
Сегодня Сеченовский университет — старейший медицинский вуз России, крупнейший учебно-научный комплекс по подготовке, аттестации и повышению квалификации медицинских и фармацевтических кадров. Университет возглавляет учебно-методическое объединение медицинских и фармацевтических вузов России.
Структурными подразделениями Сеченовского университета являются 17 институтов, среди которых есть как институты, основанные на базе классических факультетов, характерных для медицинских университетов России, так и институты, уникальные для отечественного медицинского образования, ведущие клинико-лабораторную или научно-образовательную деятельность.
В составе университета также входит научная медицинская библиотека, музей истории медицины, несколько больниц и научно-исследовательских институтов. В университете на более чем 100 кафедрах обучаются свыше 18 тысяч студентов из России и зарубежных стран.
В декабре 2008 года Банк России выпустил в обращение памятную серебряную монету номиналом 3 рубля, посвященную 250-летию университета.