Петр Борисович Ганнушкин родился (24 февраля) 8 марта 1875 года в Рязанской губернии, в многодетной семье сельского врача.
Пришло время учиться в гимназии, и в 1884 году дружная семья перебирается в Рязань, чтобы дети были под присмотром родных. Петру было 9 лет, когда он поступил в 7-ю Рязанскую мужскую гимназию. Учился отлично, особые способности проявил к языкам. Уже с 13 лет стал интересоваться характерами людей.
Окончив в 1893 году гимназию с золотой медалью, Петр в том же году поступил на медицинский факультет Московского университета. Братья также начали учиться в Московском университете. После 3-го курса Петр окончательно избрал своей будущей специальностью психиатрию. Окончив в 1898 году медфак, Ганнушкин был оставлен работать при психиатрической клинике Московского университета. В 1899 году он блестяще защитил докторскую диссертацию.
Врачебная деятельность Ганнушкина началась в психиатрической клинике Московского университета. Петр Борисович был тонким диагностом и исключительно чутким врачом. Его исследования были связаны с областью психических пограничных расстройств, между нормой и патологией. Особое уважение и авторитет Ганнушкин снискал как мастер амбулаторных приемов. Он учил врачей ставить ранние диагнозы по едва заметным изменениям психики. Он принимал до 300 человек в неделю.
В начале 20 века Ганнушкин проходил стажировку в европейских клиниках Парижа, Берлина и Мюнхена. Практика зарубежных стажировок была весьма распространена в то время среди лучших врачей. Также он был консультантом в Бутырской тюрьме и врачом в частной клинике С. В. Левенштейна.
Не менее активной, чем врачебная работа, была и научная деятельность Ганнушкина. Он является одним из основателей журнала «Современная психиатрия», сыгравшего большую роль в развитии русской психиатрии.
В 1907 году из-за разногласий в руководстве Московского университета Ганнушкин покинул психиатрическую клинику. В последующие годы он работал врачом-ординатором (до 1914 года) в Московской Алексеевской психиатрической больнице.
После Октябрьской революции 1917 года Ганнушкин принял активное участие в реорганизации медицинской помощи на новых принципах. В ноябре 1917 года он стал председателем совета Русского союза психиатров и невропатологов, с 1918 года работал профессором кафедры психиатрии Московского университета (с 1930 года — 1-го Московского медицинского института) и директором университетской психиатрической клиники (ныне клиники имени С.С. Корсакова АМН России имени И.М. Сеченова). Именно Петр Борисович стоял у истоков создания большой школы советских психиатров.
Завершением многолетних исследований Ганнушкина является его классическая монография «Клиника психопатий: их статика, динамика и систематика», которая содержит яркое и детальное описание существенных особенностей основных типов патологических характеров. Этот труд характеризует Ганнушкина как создателя «малой» психиатрии, изучающей неразвернутые формы психических заболеваний.
Скончался Петр Борисович Ганнушкин 23 февраля 1933 года в Москве от болезни желудка, был похоронен на Новодевичьем кладбище столицы.
