Компания основана в 1995 году братьями Виктором и Александром Линниками. В начале своей деятельности компания поставляла говядину и свинину из стран Латинской Америки. В 1999 году братья Линники заключили эксклюзивный договор на поставку продукции с бразильской корпорацией «Sadia», а затем с крупнейшим в тот время производителем говядины в Южной Америке «Minerva Foods».
В конце 2007 года «Мираторг» и «Sadia» совместно открыли в Калининграде завод по производству полуфабрикатов, а через полтора года компания «Мираторг» полностью завладела предприятием, выкупив у партнёра 60% долей завода.
В 2007 году компания провела первоначальное размещение облигаций на сумму 2,5 млрд. рублей, начав строить в России свинофермы. С 2008 года велась активная скупка земель для расширения бизнеса.
В 2011 году в подмосковном Домодедово открыт первый фирменный супермаркет «Мираторг». В 2014 компания запустила в Брянской области мясоперерабатывающий комплекс мощностью 40 000 тонн в год. Через год агропромышленный холдинг был включён в список системообразующих предприятий России. В 2017-ом запущена собственная сеть ресторанов «Бургер&Фрайс».
К 2020 году АПХ «Мираторг» стал самым крупным в стране владельцем сельскохозяйственных земель: принадлежащая холдингу площадь достигла 1 млн. гектаров. «Мираторг» не раз пользовался мерами государственной поддержки в виде субсидий и льготных кредитов. В настоящий момент компания занимает лидерские позиции в производстве свинины и говядины, является одним из крупнейших производителей мяса птицы, осуществляя полный цикл производства.
* Так как точная дата основания компании на официальном сайте отсутствует, в качестве дня рождения компании указана дата официальной регистрации ООО "АПХ «МИРАТОРГ»"
