Компания была основана в 1994 году, в то время она была зарегистрирована как ОАО «Новафининвест». Компания начала свою деятельность с инвестиций в нефтегазовые активы – были куплены три месторождения в ЯНАО, которые требовали разработки и дальнейшего обустройства.
В 1998 на Восточно-Таркосалинском месторождении компания начала добычу природного газа.
В 2002 году компания начала поставки природного газа потребителям по прямым договорам.
В 2003 году ОАО «Новафининвест» было переименовано в «НОВАТЭК», компания начала реорганизацию корпоративной структуры.
В 2005 году был введен в эксплуатацию Пуровский завод по переработке газового конденсата, а также проведено первичное публичное размещение акций ПАО «НОВАТЭК» на Лондонской и российских фондовых биржах.
В 2009 год компания приобрела 51% акций OAO «Ямал СПГ», владеющего лицензией на геологическое изучение и добычу на Южно-Тамбейском месторождении.
В 2010 году компания «НОВАТЕК» заключила целый ряд крупных сделок, а также стала компанией с инвестиционным кредитным рейтингом в трех ведущих рейтинговых агентствах мира.
В 2011 году долю в акционерном капитале ОАО «Новатэк» приобрела французская компания «Тоталь».
В 2017 году «НОВАТЭК» занял третье место по добыче газа в России, после «Роснефти» и «Газпрома».
В 2022 году «НОВАТЭК» признан лидером раскрытия информации об устойчивом развитии на юбилейном XXV конкурсе годовых отчетов Московской биржи. На конец 2022 года доказанные запасы углеводородов компании составили 17,6 миллиардов баррелей нефтяного эквивалента. По итогам 2022 года доля «Новатэка» на мировом рынке сжиженного природного газа (СПГ) выросла до 5,4 %, а СПГ стал единственным видом топлива, поставки которого из России в Европу выросли.
