Компания основана в 1994 году. В этом же году началась разработка программы создания производства современных легковых автомобилей в Калининградской области, и в 1996 году программа была одобрена и поддержана правительством.
Автомобильное производство было решено организовать на основе частичной конверсии неработающих оборонных предприятий. Компания подписала соглашение с корпорацией «KIA Group».
В 1997 году началось строительство завода – рекоснтруированы несколько старых корпусов предприятия «Янтарь». В том же году, 16 мая, автозавод начал работу, с конвейера сошел первый автомобиль KIA Clarus. По итогам первого года работы завод «Автотор» выпустил 1679 автомобилей.
В 1999 году компанией было подписано соглашение о сотрудничестве с концерном BMW, после чего производство было оборудовано с соблюдением всех технических требований. 22 октября завод по производству автомобилей BMW в Калининграде был торжественно открыт.
С 2002 года «Автотор» начал серийный выпуск автомобилей KIA Sportage по полному циклу.
В 2003 году компанией было подписано соглашение с самой крупной автомобильной корпорацией мира General Motors об организации производства автомобилей, и, спустя год, «Автотор» приступил к производству таких автомобилей как «Hummer», «Trail Blazer» и «Tahoe». Впоследствии к этому списку добавились автомобили «Cadillac».
В 2007 году общий объем произведенных на предприятии автомобилей превысил отметку в 100 тысяч.
В 2011 году запущено «пилотное» производство грузовых автомобилей марки Hyundai.
В 2015 году производство автомобилей Cadillac, Opel и Chevrolet в Калининграде было остановлено. В этом же году компания подписала соглашение о сотрудничестве и партнерстве с правительством Калининградской области.
В 2017 году «Автотор» и Hyundai Motor Company приступили к производству коммерческих автомобилей Hyundai по полному циклу.
В 2019 году на предприятии сошел с конвейера двухмиллионный автомобиль.
В 2022 году производство на заводе временно было остановлено, но уже в конце года начался выпуск автомобилей китайских производителей.
В 2023 году завод «Автотор» запустил производство китайских грузовых автомобилей.
