Название компании расшифровывается как «Современный коммерческий флот».
История «Совкомфлота» началась в 1973 году с разрешения Министерству морского флота самостоятельно приобретать новые и подержанные суда за рубежом по схеме фрахтования судна без экипажа. В результате была образована «Контора коммерческих операций», которая впоследствии, в 1986 году, была преобразована во всесоюзное внешнеторговое объединение «Совкомфлот».
В 1988 году «Совкомфлот» стал называться акционерным коммерческим предприятием, учредителями которого стали Минморфлот СССР и семь морских пароходств.
С 2001 года танкеры «Совкомфлота» первыми стали осуществлять регулярные перевозки нефти в порты стран Европы из балтийского порта Приморск.
В 2006 году компания начала эксплуатацию газовозов сжиженного природного газа.
В 2007 году президент России Владимир Путин подписал указ об образовании новой транспортной компании на базе «Совкомфлота» и «Новошипа» (ОАО «Новороссийское морское пароходство») для объединения государственных активов.
В 2020 году компания вышла на фондовый рынок и провела первичное размещение ценных бумаг на Московской бирже.
К началу 2022 года «Совкомфлот» владеет флотом из 134 судов, и является одним из крупнейших в мире операторов танкеров. На фоне политической ситуации в мире, в этом же году «Совкомфлот» продает часть своих судов, чтобы расплатиться с западными кредиторами, однако финансовые результаты 2022 года от этого не пострадали: операционная прибыль по сравнению в 2021 годом увеличилась в 2,5 раза, а чистая прибыль группы компаний выросла в 10,8 раза, составив 385,2 млн. долларов.
«Совкомфлот» участвует в обслуживании крупных нефтегазовых проектов в России и мире, в их числе «Сахалин-1», «Сахалин-2», «Варандей», «Приразломное», «Новый Порт», «Ямал СПГ», Tangguh (Индонезия).
