Открытое акционерное общество «Российские железные дороги» было создано 22 сентября 2003 года, а с 1 октября компания начала хозяйственную деятельность.
В 2009 году компания начала продавать первые электронные билеты, в этом же году между Москвой и Санкт-Петербургом начали курсировать высокоскоростные поезда, получившие имя «Сапсан» в честь самого быстрого сокола на планете.
В 2010 году по заказу ОАО «РЖД» начато строительство двухэтажных пассажирских вагонов. Первый поезд с двухэтажными вагонами начал курсировать между Москвой и Адлером в 2013 году.
В 2016 году компания запустила один из самых крупных проектов внутригородских железнодорожных перевозок – Московское центральное кольцо (МЦК).
В 2017 году компания открыла в Санкт-Петербурге Музей железных дорог России. В музее можно увидеть редкие и легендарные паровозы, тепловозы, электровозы, вагоны и другую железнодорожную технику, действующие модели и декоративные инсталляции.
В 2018 году во время проведения Чемпионата мира по футболу услугами РЖД воспользовались около 2,5 миллионов футбольных болельщиков.
В 2019 году был запущен первый в России туристический поезд – «Рускеальский экспресс» в Карелии. В настоящее время этот поезд на паровозной тяге ежедневно курсирует из Сортавалы в горный парк «Рускеала».
В 2021 году, перед новогодними праздниками, РЖД совместно с Вологодской областью запустили передвижную резиденцию Деда Мороза. Специальный поезд из паровоза и нескольких вагонов в 2021 году посетил 36 городов, а в 2022 году городов в маршруте Деда Мороза стало уже 120.
В 2023 году компания «РЖД» отметила свое двадцатилетие. За 20 лет работы услугами компании воспользовались более 23 миллиардов пассажиров, а грузов перевезено более 25 миллиардов тонн. ОАО «РЖД» признано самой энергоэффективной железнодорожной системой в мире. Больше 85% перевозок осуществляется на электрической тяге,благодаря чему в атмосферу попадает меньше загрязняющих веществ.
