История холдинга началась 2001 году, когда были объединены несколько предприятий, производящих минеральные удобрения.
В 2005 году поставки минеральных удобрений потребителям в России и странах СНГ превысили 1 миллион тонн, компания стала лидером рынка в этой сфере.
В 2007 году «ФосАгро» начала регистрировать свою продукцию согласно требованиям европейского регламента REACH.
В 2007 году группа «ФосАгро» стала одним из инициаторов введения бержевой торговли минеральными удобрениями.
В 2010 году «ФосАгро» стала первой в мире компанией, подписавшей годовой контракт на поставку комплексных минеральных удобрений с Индией.
В 2011 году «ФосАгро» и «Сбербанк» заключили соглашение о сотрудничестве. В этом же году компания успешно провела первичное размещение акций на Лондонской фондовой бирже.
В 2012 году «ФосАгро» запустила новое производство карбамида полного технологического цикла мощностью 500 тысяч тонн в год.
В 2016 году группа заключила договор с НЦССХ им. А.Н. Бакулева о поддержке высокотехнологичной медицинской помощи, в частности, экстренных операций детям, не имеющим бюджетной квоты.
В 2018 году «ФосАгро» стала первой корпорацией из России, выбранной Продовольственной и сельскохозяйственной организацией Объединенных Наций для реализации глобальной инициативы в области защиты почв.
В 2019 году количество проданный в России минеральных удобрений перешагнуло рубеж в 3 миллиона тонн.
В 2020 году «ФосАгро» получила золотую медаль чемпиона Международной ассоциации производителей удобрений-2020 за ответственный подход к производственной деятельности. При этом были оценены все аспекты производства, начиная от поставок сырья, и заканчивая обращением с отходами.
В 2021 году группа «ФосАгро» первой в России прошла оценку соответствия продукции требованиям национального стандарта, вводящего самые жесткие в мире ограничения на содержание тяжелых металлов и мышьяка. Компания получила право на маркировку удобрений «зеленым» брендом, а в 2022 году и право использования экомаркировки «Листок жизни».
