История компании началась, когда в 2006 году ОАО «РЖД» был создан специализированный филиал для организации и управления пассажирскими железнодорожными перевозками в дальнем следовании – Федеральная пассажирская дирекция. В 2009 году на базе этого филиала было учреждено открытое акционерное общество «Федеральная пассажирская компания».
Самостоятельная деятельность АО «ФПК» в качестве перевозчика началась 1 апреля 2010 года. В этом же году компания была внесена в реестр естественных монополий.
С 2011 года АО «ФПК» принадлежит контрольный пакет акций холдинга «РЖД Трэвэл», целью такой сделки стало развитие в России железнодорожного туризма.
В 2012 году стартовала программа лояльности «РЖД Бонус». У пассажиров появилась возможность копить баллы за поездки и обменивать их на билеты для новых путешествий по железной дороге.
В 2013 году компания «ФПК» запустила систему психологического тестирования для тех своих работников, которые непосредственно взаимодействуют с клиентами.
АО «ФПК» заботится об экологии, и в 2014 году компания стала лауреатом Национальной премии в области экологии «ERAECO» в номинации «За разработку и внедрение технологий, направленных на улучшение экологии и охрану окружающей среды». В этом же году компания запустила курсирование электропоездов «Ласточка».
В 2018 году компанией проведено рекордное обновление парка пассажирских вагонов, а также в этом году зафиксирован максимальный рост количества перевезенных пассажиров.
1 июля 2023 года программе лояльности «РЖД Бонус» исполнилось 11 лет. За это время ее участниками стали более 9 млн. человек. Благодаря программе лояльности поездки становятся более доступными для многодетных семей, студентов и маломобильных граждан.
В настоящее время компания «ФПК» продолжает активное развитие, регулярно расширяя и обновляя свой вагонный парк, а также предлагая пассажирам новые возможности для путешествий. Своим базовым принципом компания называет клиентоориентированность. Миссия компании звучит так: «Мы улучшаем качество жизни, делая Вашу поездку максимально безопасной, доступной и комфортной».
