В 1961-1962 году Южно-Якутской комплексной экспедицией на водоразделе рек Ундыткан, Укикит и Эльгабыл обнаружен угольный пласт мощностью 22 м, а в 1966 году Министерство угольной промышленности СССР издало приказ о создании в Якутии треста «Якутуголь».
В 1980 годах на этих месторождениях были продолжены изыскания, которые подвердили большое количество мощных пластов угля.
В 2000 году Министерство путей сообщения начало строительство железнодорожной линии Эльга – Улак. Дорога должна была пересечь десятки ручьев и рек, а также горы Станового хребта, чтобы соединить перспективное месторождение с Байкало-Амурской магистралью.
В 2002 году ГУП «Якутуголь» стало акционерным обществом открытого типа.
В 2007 году контрольным пакетом акций компании завладела компания «Мечел».
Железнодорожная линия к Эльгинскому месторождению была введена в эксплуатацию в 2011 году, ее общая длина оставила примерно 320 км. В том же 2011 году на Эльгинском разрезе была начата добыча угля, а через год запущена первая обогатительная фабрика.
В 2020 году у компании сменился собственник – теперь 100% активов компаний Эльгинского угольного комплекса стало принадлежать ООО «А-Проперти». С этого времени компания встала на путь мощного развития, и уже в августе 2021 года «ЭльгаУголь» получила статус одного из крупнейших налогоплательщиков федерального уровня.
В 2022 году компания произвела юбилейную 30-миллионную тонну продукции с момента смены управления, и в настоящее время продолжает работу в русле программы долгосрочного развития.
