Компания «Трансконтейнер» была создана в 2003 году в статусе государственного учреждения для работы с контейнерными перевозками при Министерстве путей сообщения. Затем компания продолжила работу в качестве филиала ОАО «РЖД».
В 2006 году ОАО «Трансконтейнер» было зарегистрировано как отдельное юридическое лицо, компания начала хозяйственную деятельность.
В 2008 году «ТрансКонтейнер» открыл в Забайкальске восстановленный железнодорожный грузовой терминал, ставший крупнейшим в России. За этот год компания начала отправку грузов от трех японских портов, доставила первые поезда с комплектующими из Европы для калужского завода корпорации Volkswagen.
В 2009 году компания стала обладателем национальной премии «Золотая Колесница» в номинации «Лидер транспортно-экспедиторской отрасли России».
В 2010 году «Трансконтейнер» осуществил первую в России экспериментальную отправку неопасных наливных грузов с использованием флекситанков. Кроме того, в этом году ОАО «ТрансКонтейнер» размещены на Лондонской фондовой бирже.
В 2011 году компания приобрела 67% акций казахстанского оператора железнодорожных терминалов «Кедентранссервис».
В 2013 году «Трансконтейнер» принял участие в проекте «Транссиб за 7 суток», запустив систему продаж услуг через интернет.
В период с 2014 по 2019 год компания активно расширяла регулярные маршруты контейнерных перевозок по территории России, азиатских и европейских стран. Кредитный рейтинг ПАО «ТрансКонтейнер» подтвержден агентством RAEX на уровне ruAA+ со стабильным прогнозом.
В 2021 году ПАО «ТрансКонтейнер» направил основную часть усилий на совершенствование клиентского сервиса, повышение эффективности операционных и бизнес-процессов, а также обновление и увеличение парка контейнеров и фитинговых платформ. Был запущен первый регулярный сервис для перевозки скоропортящихся грузов в рефрижераторных контейнерах из московского региона в Якутию. Приобретен второй терминал на станции Забайкальск.
На сегодняшний день компания продолжает активное развитие ввиду постоянного роста спроса на контейнерные перевозки. Своей миссией ПАО «ТрансКонтейнер» называет эффективное содействие бизнесу клиентов: быстро, надежно и комплексно решая их задачи по логистике и доставке грузов в контейнерах.
